Amikor Dózsa György fogságba esett és Szapolyai János elé vezették, a vezér bátran és nyugodtan nézett szembe a vajdával, s csak öccse, Gergely részére kért kegyelmet.
Szapolyai kitérően felelt a kérésre és csak annyit mondott, hogy mindenkit érdemei szerint büntetnek, de valamennyi fogságba esettet bebörtönözte, bár sokak szerint Gergely és György tisztességesebb fogságba került, mint a többiek.
A foglyok nagy része (vagy akár mindenki) egy földalatti üregbe került, s ott várták a sorsuk alakulását. Dózsa követelte, hogy vigyék Budára, ahol rendes tárgyalást kaphat, de Szapolyai haditörvényszéket emlegetett, amely gyorsan és példásan akar igazságot szolgáltatni.
A véleményük szerint "Vadság és kegyetlenség tekintetében Székely (Dózsa) Györgynek nincs mása az emberi nemben" vagyis a legsúlyosabb büntetést kellett, hogy kapja.
A legtöbb helyen csak áttételesen említik Dózsa és serege bűneit, de egy korabeli krónikás szerint "Megölik, karóba húzzák, kínzó szerekkel gyötrik az elfogott nemeseket; a nőket a leányokat férjeik és szüleik jelenlétében gyalázzák meg; javaikat elragadozzák, házaikat lerombolják, felgyújták" s ezt akár részletezték is "Nem szégyelték meggyalázni a szűz szemérmet, a szent apáczákat és szűzi karokat… Minden különbség és kivétel nélkűl vágták le a jó polgárokat, püspököket, papokat, szerzeteseket, szüléket, özvegyeket, szolgákat s városi embereket. Némelyeknek hasán, másoknak ágyékán, torkán, szívén, vagy fején keresztűl szúrták a nyársot. Egyeseknek testét tűzben edzett karókba vonták, hogy levágták karjaikat, lábszáraikat, kezeiket. Többeket Pentheus módjára kínoztak, kiszakítván ereiket és beleiket".
Nem tudni persze, hogy mennyire volt hiteles a fenti leírás, bár azt tudni lehet, hogy a korban még nagyon kegyetlen büntetéseket szabtak ki bizonyos tettekért.
Kinizsi Pál azokat az árulókat, akik fel akarták adni Nándorfehérvárt 1493-ban, úgy büntette, hogy bűntársaik őket ürük módjára süssék meg, azokat a cseheket pedig, akik megzavarták II. Lajos koronázását Prágában II. Ulászló megnyúzatta és vasfogókkal tépette szét.
Ilyen körülmények között került sor Dózsa György és társai kivégzésére 1514. július 20-án Temesvárott.
A krónikák szerint Szapolyai János hét ferences szerzetest rendelt ki a halálra ítéltek mellé, akik elszörnyedve nézték végig Dózsa és társai kivégzését.
Szapolyai először Dózsa Gergelyt fejeztette le, amely a kegyelem jele volt, hiszen így neki nem kellett kínhalált halnia - vagyis hatottak bátyja, György szavai, bár a lefejezés után Gergely testét azért felnégyelték.
Ezután következett Dózsa kínzatásának és kivégzésének elkezdése, amelynek jellemzése a közel egykorú Istvánffy Miklós szavaival: "Borzad a lélek elmondani kegyetlen, szörnyű és eddig még soha nem látott és hallott gyötrelmes kivégzését a szerencsétleneknek. Bár minden halálbüntetést megérdemeltek, mégis méltányos lett volna, hogy azok a jámbor keresztények szánalommal és könyörülettel mérsékeljék vad kegyetlenségüket."
A bakók egy ágast ástak le a földbe, s egy vasból készült zselyeszéket tettek elé (állítólag megtüzesítve), majd Dózsát övig levetkeztetve ráültették és az ágashoz kötötték. A zselyeszék volt a királyi trónja, majd a királyi főhatalom egyéb jelképeit is megkaphatta. Egy ekevasból készített tűzben izzó koronát raktak a fejére csíptető vasakkal, amely afféle szájkosár jellegű lehetett, majd egy tüzes kormánypálcát adtak a kezébe. A trón tehát nem volt izzó, mert azt biztosan nem bírta volna ki, s a kínzóknak nem volt érdeke, hogy hamar meghaljon, ez csak a Petőfi versből terjedt el, szájhagyományként.
Egyes krónikák szerint csak egyszer koronázták meg, mások szerint háromszor, de a végeredményt tekintve mindegy, bár Dózsa György a néphagyomány szerint egy órával élte túl a koronázást.
A megkoronázás után a bírák odavitették legbizalmasabb embereit, akik közül összesen kilencen maradtak életben. Először táncot kellett járniuk nádsíp, hegedű és füttyszó hangjára, amely toborzó vagy hajdútánc volt. Minden körülforgás után azonban, bele kellett harapniuk Dózsa testébe, mint az éhes farkasoknak és a leharapott húst le kellett nyelniük. Mindezt segítendő vasfogókkal is csíptek ki darabokat a vezér testéből. Volt néhány bizalmasa (egyes források szerint három, mások szerint négy), aki nem akart részt venni ebben a táncban, így őket azonnal levágták. Akik azonban megtették mindezt, ahogyan a Lőrincz nevű kovácsa is mondta, akinél Dózsa a lovát szokta patkoltatni, azokat az ígérethez híven, a kivégzés végeztével szabadon engedték.
A krónikák szerint Dózsának egy arcizma sem rándult, csak ennyit mondott a társainak: "Most látom csak, hogy kutyákat neveltem!" A kivégzést végignéző parasztok szemében azonban a brutális kínzást szinte hangtalanul tűrő Dózsa igazi vértanúvá vált.
Mindezek után Dózsa fejét levágták és testét valamint belső szerveit részben megfőzték, részben nyárson megsütötték, amelyet a többiekkel megetettek. Estefelé a hóhér Dózsa lábait, karjait és nyakát sűrű csapásokkal törte össze, majd testét pallosával felnégyelte, hogy azt Budán, Pesten, Fehérvárott és Váradon bitóra függesszék fel, a fejét pedig egy hosszú lándzsára tűzve a szegedieknek adta.
Az események hatására Bakócz Tamás befolyása csökkent, hiszen nem tudott mit kezdeni a kialakult helyzettel, viszont Szapolyai János befolyása jelentősen megnőtt, amely minden bizonnyal szerepet játszott abban, hogy egy évtized múlva királlyá válhatott.
