Több mint négyszáz év telt el azóta, hogy a Mayflower rettenthetetlen vallási menekülteket, gazdasági menekülteket vagy másként gondolkodókat vitt az Újvilágba.
A 17. század elején több csoport alakult, amely elégedetlen volt az anglikán egyházzal. Az egyik jelentős csoport volt a puritánok csoportja, akik a rítusoktól és hiedelemektől akarták az egyházat megtisztítani. Egy másik fontos csoport a szeparatisták csoportja volt, akik az egyháztól való teljes elszakadást szerették volna, mert az akkori angol törvények kötelezővé tették a templomlátogatást és az egyháztámogatást. Aki ezt nem tette meg, azt pénzbírsággal büntették, ezért a hollandiai Leidenben alapítottak egy közösséget 1608 körül, amely hamar 400 főssé növekedett.
Arra a következtetésre jutottak, hogy az Újvilágban próbálnak szerencsét, s Brit-Amerikába utaznak, hogy a Hudson-folyó torkolatánál telepedjenek le. Ez ugyan a Szűz királynőről, I. Erzsébetről elnevezett Virginia része volt, de eléggé távol volt, hogy nehezen tudjanak beleszólni a mindennapi ügyeikbe.
A hír Angliába is eljutott, ahol egy Thomas Weston nevű üzletember földadományt ígért nekik a London Company-tól.
Mivel az út komoly veszélyekkel járt, úgy döntöttek, hogy a legfiatalabbak és legerősebbek utaznak először. 
Először megvásárolták a Speedwell nevű negyvenéves hajót, amely már a spanyol Armada ellen is harcolt. Hamar fel kellett azonban ismerniük, hogy a hajó túl kicsi és nem tud elegendő utast szállítani. Béreltek egy másik hajót, a Mayflowert.
Thomas Weston úgy gondolta, hogy mindkét hajó elindul, a Mayflower szállítja a kézműveseket és szakmunkásokat, a Speedwell pedig a szeparatistákat.
Közben arra is rájöttek, hogy szükség van katonai vezetőre, s John Smith kapitányt szerették volna vezetőnek, akinek már voltak virginiai tapasztalatai. Ő azonban sok pénzt kért, így végül Mayles Standish mellett döntöttek.
1620 nyarán a Mayflower Londonból Southamptonba indult, hogy felszereljék és találkozzon a Speedwellel. A hajó kapitánya Christopher Jones volt, aki egy John Alden nevű kádárt is felbérelt, aki kora egyik legjobb mesterembere volt. (a képen Alden későbbi feleségével Priscillával)
1620 júliusában a Leideni Kongregáció kiválasztott tagjai felszálltak a Speedwellre, amelyen problémákat észleltek a kötélzeten is és a víz is szivárgott. Mire Southamptonba értek, kiderült, hogy alapos nagyjavítás szükséges.
1620. augusztus 15-én végül elindult a két hajó, de néhány óra múlva a Speedwellbe újra szivárogni kezdett a víz. Hosszas huzavona után a Speedwell utasai közül sokan átköltöztek a Mayflowerre, s végül szeptember végén nekivághattak az óceánnak.
Összesen 102 utas indult el, s közülük 28 felnőtt volt a Leideni Kongregáció tagja. Kemény szelekkel és viharokkal találkoztak, s az egyik vihar jelentős károkat okozott. Közben a Golf-áramlat is északabbra sodorta őket, amelyről akkortájt még nem tudhattak. Abban az időben a szélességi fokok mérése is nehézkes volt, a hosszúsági fokoké pedig tulajdonképpen lehetetlen, hiszen messze volt még Harrison mester kronométere.
Az út folyamán sokszor hidegételt ettek, mert a konyha többször is kigyulladt, s az utasok közül sokan meg is betegedtek - a tengeri betegség mellett a vérhas és hasmenés is gyakori volt. Az út folyamán Elizabeth Hopkins fiúgyermeket szült férjének, Stephen Hopkinsnak. A kisfiú, akit Oceanusnak neveztek el, túlélte az utat, de később, alig néhány évesen meghalt.
Ekkortájt dívott a kalózkodás, így a hajó fel volt szerelve 14 ágyúval, amelyek közül tíz a hajó két oldalát védte. A hosszú hajóutakra általában sertéseket és baromfit vittek, amelyek így friss húst és tojást biztosítottak. Voltak még kecskék is, amelyek friss húst és tejet adtak, főként a gyerekeknek. Az elsődleges ital a sör volt, amely tovább maradt iható, mint a víz a fahordókban. A hajón nem volt orvos, s bár Samuel Fuller, egy leideni sergegyártó sokat olvasott a témában, nem rendelkezett orvosi képesítéssel. Ennek ellenére csak két személy halt meg a 66 napig tartó átkelés során, de közöttük volt Fuller inasa is. Ez azonban a korban egyáltalán nem volt rossz arány.
A hajó végül 1620 novemberében ért partot az Újvilágban, a Cape Cod közelében. Eztán két napig dél felé hajózott és november 11-én lehorgonyzott a mai Provincetown kikötőjében. Ekkor készült el a híres Mayflower Compact néven ismert dokumentum, amely egy megállapodás volt az elkészülendő új település kormányzását illetően. A Mayfloweren összesen 73 felnőtt utazott és 41 fő írta alá a dokumentumot. A 19 szolga nem írta alá, s a kézművesek közül sokan csak egy évre szerződtek, így ők sem írták alá. Jones kapitány nem írta alá, mert haza akart térni, de John Alden, aki az úton összebarátkozott egy Priscilla nevű lánnyal, igen.
