A bizánciak ugyan győztek a ninivei csatában, de a hosszú háború teljesen kimerítette a gazdasági és humán erőforrásokat is.
Nem nyugodhattak azonban meg, mert Mohamed megjelenésével, majd halála után az arabok kezdtek el terjeszkedni és csak idő kérdése volt, hogy összeütközésbe kerüljenek. Szíria után Egyiptomot elfoglalása következett, s bizánciak teljesen megdöbbentek a hódítás sebességén.
Ez már a korai kalifátus terjeszkedésének harmadik szakasza volt, a bizánciak és perzsák elleni korai sikerek után. Akkortájt Egyiptomban még nagyon kevés arab élt, ők is jórészt kereskedők voltak, amely kissé furcsa, ha azt nézzük, hogy ma a legnépesebb arab országról beszélünk.
Az arabok kezdetben Szíriában és Irakban terjeszkedtek, miközben a Szászánida Birodalom már összeomlóban volt. Ilyen körülmények között jutottak el Egyiptomba, amely a bizánciakat meglepetésként érte. Miközben az arabok a Szászáni Birodalommal foglalkoztak, a bizánciak úgy gondolták, hogy lesz némi idejük az erőiket összpontosítani, s ráadásul az araboknak majd idő kell a hatalmuk megszilárdításához. Az arabok azonban szinte megállíthatatlanul törtek előre és foglalták el az egykor hatalmas birodalom maradványait, amely részben Amr ibn al-Ász jeles hadvezérnek volt köszönhető, aki aztán Egyiptom meghódítása után annak első helytartója lett.
Egy másik híres korai muszlim tábornokhoz, Khalid ibn al-Walidhoz hasonlóan Amr mekkai volt, aki kezdetben Mohamed és követői ellen harcolt, mielőtt 629-ben csatlakozott az ügyhöz (állítólag Khaliddal Medinába mentek, és elfogadták Mohamed üzenetét is). Azt mondják, hogy ő volt a felelős Omán „megtéréséért”, majd rövid ideig kormányozta azt a régiót. Végül csatlakozott a Szíriát és Palesztinát megszálló arab hadseregekhez, s jelen volt például a 636-os yarmouki csatában.
639-ben, amikor az arabok java része még mindig a Perzsa Birodalom maradványai között válogatott, azt mondják, hogy Amr engedélyt kért a kalifától, Umartól, hogy egy körülbelül 4000 fős hadsereget vezeshessen Egyiptomba.
Egyiptomot ekkortájt, akárcsak a Bizánci Birodalom többi részét, a pestisjárvány és a Perzsiával vívott háború miatti szegénység és éhinség dúlta, miközben egy rövid időre meghódították a perzsák is.
A bizánci irányítás visszaállítása is fájt azonban, mert a perzsák idején az egyiptomi kopt keresztények valójában több vallásszabadságot éltek át, mint amennyit a konstantinápolyi ortodox hatóságok megengedtek nekik.
Ezek az emberek nem voltak igazán elragadtatva attól, hogy a háború bizánci győzelemmel végződött, a bizánciak pedig nem igazán álltak készen arra, hogy megvédjék a helyet egy újabb invázió ellen.
Amr biztosan tudta, milyen gazdag Egyiptom (a Nílus völgye ekkor még a birodalom kenyérkosara volt). Akár a gazdagságról, akár a bizánci gyengeségről beszélt Umarnak, ez működött, és a kalifa néhány nyilvánvaló aggodalma ellenére engedélyezte az inváziót. Amr seregének kis mérete kérdéseket vet fel azzal kapcsolatban, hogy meg kellett-e hódítania Egyiptomot, vagy egyszerűen lerohanni, és esetleg olyan támaszpontot teremteni, amelyet az arabok később kiaknázhatnak.
Van egy legenda, ami szerint Umar meggondolta magát az invázióval kapcsolatban, és hírvivőt küldött Amrhoz, aki egy levelet vitt magával, amelyben megparancsolta neki, hogy forduljon vissza – hacsak mire elolvasta a levelet, közben már nem szállta meg Egyiptomot.
Amr, ebben a történetben rájött, hogy mi van a levélben, és arra kényszerítette a hírnököt, hogy kísérje el, miközben a seregét Egyiptomba vezeti, s majd ott elolvassa a levelet. Ez legendának tűnik, de lehetséges, hogy van benne igazság. Amikor az invázió már kész tény volt, Umar mintegy 12 000 további embert küldött Amrnak, ami kis expedíciós csapatát olyan hadsereggé változtatta, amely valóban képes volt hódítani. Amr Heliopolis városán kívül találkozott az erősítéssel.
Heliopolis nagyjából ott volt, ahol ma Kairó található. Heliopolis ekkor már nem volt annyira fontos, de Amr úgy döntött, hogy ideiglenes bázisává teszi, mert ez egy jól védhető hely volt, jó vízhez való hozzáféréssel.
Itt döntött úgy a körülbelül 20 000 fős bizánci hadsereg, egy Theodore nevű tábornok parancsnoksága alatt (utólag nem túl értelmes okokból ), de a nyílt terepen találkozik az arabokkal.
Theodore-nak, úgy tűnik, nem volt igazán jó oka erre, hiszen Amr serege nem volt jól felszerelve az ostromokra, és sebezhető lehetett volna: a bizánci parancsnok serege zaklathatta volna a megszállókat a jól megerősített helyőrségeiből, megtámadhatta volna az utánpótlásvonalakat, majd jelentős támadást indíthatott volna az éhes, kimerült ellenféllel szemben.
Theodore azonban úgy döntött, hogy nem ezt az utat választja. S ami még rosszabb, úgy tűnik, elszalasztotta azt a lehetőséget is, hogy megtámadja Amr kisebb csapatát, mielőtt az találkozott volna az erősítéssel. Talán arra a tényre támaszkodott, hogy serege eddig még mindig felülmúlta az egyesült arab erőket. Ha ez a helyzet, akkor tévedett, nagyrészt azért, mert Amr alaposan felülmúlta őt hadtudományban.
A bizánci sereg húszezer, az arab körülbelül tizenötezer főből állt, s a bizánciak nyílt szinen akartak csatázni, az arabok azonban lesből támadtak rájuk, s a bizánci sereg pánikba esett.
Amr győzelmének kulcsa az alapos felkészülés és a rafinéria volt.
A csata előtti éjszakán Amr egy kis lovas csapatot küldött, hogy rejtőzzenek el a közeli dombok között, és utasításokat adtak, hogy a csata kezdete után támadják meg a bizánci szárnyat vagy hátat. Egy másik különítményt küldött délre, hogy elkapják a bizánciakat várt visszavonulásukban. Mindez nagyjából tökéletesen működött. Az első különítmény teljesen meglepte a bizánciakat, és arra kényszerítette őket, hogy próbáljanak meg egy rendezett visszavonulást Babilon felé, míg a második különítmény a visszavonulás során lesből támadt rájuk, és meneküléssé változtatta azt.
Majdnem az egész bizánci hadsereget megölték vagy elfogták. Nem tudni pontosan hányan haltak meg, de feltehetően a bizánci sereg nagyobb része meghalt vagy fogságba esett. Ezzel Egyiptom a bizánciak kezéből az arabok kezébe került.
Babilon egy ideig még kitartott – Amr serege nem volt felszerelve komolyabb ostromra –, és Alexandria, Egyiptom igazi koronaékszerének elfoglalása is tovább tartott, de a bizánciak ekkor veszítettek el egy 20 000 fős hadsereget, és képtelenek voltak újabb, elég nagy haderőt állítani ahhoz, hogy visszaszerezzék, amit elvesztettek, vagy megvédjék azt, ami még az övék.
Amr Egyiptom kormányzója lett, és megalapította Fustatot, amikor Umar megparancsolta neki, hogy a Nílus keleti oldalán telepedjen le, ne pedig Alexandriában, ahogy Amr szerette. 644-ben azonban elvesztette kormányzói tisztét, amikor Umar meghalt, és az új kalifa, Uthman egy közeli barátját nevezett ki a munkára, majd 658-ban mégis visszakapta azt jutalomként, amiért támogatta Muʿawiyah-t, s egészen a haláláig maradt kormányzó.
